在浙大的校务会议上，迁校的行程安排已经作了周密的计划。首先从建德乘民船抵达兰溪，再换小船溯梅溪至金华，准备在金华搭火车至江西境内，经樟树，最后抵达赣南的吉安、泰和。
这段原本看上去计划周详的西迁之路，却因战乱，变得异常艰辛。
据回忆，这个时候交通呢是非常困难，实际上后来就是一种最落后的交通技术——人撑着船。
据回忆，老是要上岸的，因为这个摊很浅，这个船人坐的多了以后，有行李什么，船底下会搁牢的，所以要下来走路，那么有的时候就帮着船上的人们拉纤。
12月26日晚上，竺可桢处理完建德的搬迁事务后，最后一个赶到兰溪的萍香旅馆，与带队老师会合。更大的困难摆在面前。
为了节省经费，竺可桢决定大部分师生从兰溪步行至金华，再搭难民车南行。但这个决定却遭到一些教授的反对，因天气寒冷而患风寒的体育系主任舒鸿与家眷较多的梁庆椿不愿前往金华。迁校队伍兵分两路。舒鸿和梁庆椿等人带领一部分女生和家眷走水路至常山，竺可桢则带领大批学生和教员步行至金华，准备搭难民车。
据回忆，一天要八十里路要赶到金华，赶在敌人以前，因为怕日本人，怕日本兵从杭州到江西去，也要走浙赣铁路嘛，我们也要走浙赣铁路，所以我们一天就要赶到这个京华。
据回忆，脚底下都起泡了，都起泡了嘛，教官跟我们一起走的，这些教官他们很懂的，拿了根针，把它火上边烧一烧以后，把泡刺破，刺破了把里面的汁液，把它流掉，流掉了以后，这把皮不好拿掉的，这样子，到了第二天嘛，就好了。
据大伯赵人龙回忆，到金华的话，那个时间，金华的话，这个城里面好多地方人都撤退了，我们记得到金华，到了以后没有地方住，那看到这个中国银行开了大门在那边，一个银行空空如也，空的，所有东西都搬走了，那我们就住在这个中国银行，住了一个晚上。
金华位于浙江腹部，是浙赣铁路线上的军事重镇，自古以来就是兵家必争之地。12月27日中午，竺可桢和一部分教职员工先期抵达金华。金华市内，已经一片萧条，大多数金华市民已经逃离。
下午两点，竺可桢到金华火车站联系车辆。刚到火车站，日军轰炸机飞抵金华上空，轰炸火车站。
日机很快投弹，爆炸声越来越响，忽然一个炸弹落在窗外，震动剧烈，我马上趴到了地上。
未几日机来投弹，渐投渐近渐响，一弹声震窗户，余即伏地。
据回忆，竺可桢一下子趴在地上了，他觉得马上这个下一个炸弹就要落到这个房顶上了。最后就过去了，那个是最后一个炸弹，受了一场虚惊，没炸着，但是可以看到这个形势是很紧张的。
日军轰炸金华后，浙赣铁路运输中断，客货车停开。陆续抵达金华的浙大师生，只能等待途经金华的难民车。但难民车在衢州被军队扣留，转道南昌，用来运输从广西到浙江作战的援兵。师生们被困金华，人心惶惶，一些人不愿再随校西迁。
据回忆，当时农学院有六个教师，就是不辞而别。因为他害怕了，日本人快要打来了，课还没讲完啦，你这个学期没有结束嘛，但是这六个老师呢，他就是说害怕了，我们还是赶紧先跑吧，所以在金华呢，就不辞而别。
经过竺可桢的多方努力，学生们终于在两天后，坐上了一辆开往江西的敞篷铁皮车。
据回忆，没有篷的货车，我们大家就往货车上爬，爬得大家就坐在地下嘛，就坐在火车，又没有凳子又没有什么的，自己带了点干粮，所以又冷又饿。